Վեպում զուգահեռ զարգանում են սյուժեի երկու գծեր: Առաջին գործողությունը տեղի է ունենում Մոսկվայում մայիսյան մի քանի օրերի ընթացքում, իսկ երկրորդ գործողությունը՝ Երշալայիմ քաղաքում երկու հազար տարի առաջ: Շոգ երեկո է: Մոսկվայում է հայտնվում ոմն Վոլանդ, որը ներկայանում է որպես սև մոգության մասնագետ: Իրականում դա սատանան է: Նրան ուղեկցում է տարօրինակ շքախումբ՝ գեղեցիկ վհուկ Գելլան, հեգնական Կորովևը, որը հայտնի է նաև Ֆագոտ անունով, մռայլ Ազազելլոն և ուրախ, չաղլիկ Բեգեմոտը, որը հիմնականում հայտնվում է հսկա կատվի կերպարանքով: Վոլանդի հետ առաջինը հանդիպում է գեղարվեստական հանդեսի խմբագիր Միխայիլ Բերլիոզը և պոետ Իվան Բեզդոմնին, որը գրել է հակակրոնական պոեմ Քրիստոսի մասին: Վոլանդը միջամտում է նրանց զրույցին՝ պնդելով, որ Քրիստոսը գոյություն է ունեցել: Որպես ապացույց այն բանի, որ կա մի բան, որը ենթակա չէ մարդու կամքին, Վոլանդը կանխատեսում է, որ Բերլիոզի գլուխը կկտրի կոմսոմոլուհի աղջիկը: Իվանի աչքերի առաջ Բերլիոզն ընկնում է տրամվայի տակ. վարորդը կոմսոմոլուհի է: Բերլիոզի գլուխը անիվների տակ կտրվում է: Իվանն անարդյունք հետևում է Վոլանդին, հետո հայտնվում է մոսկովյան գրական ընկերությունում և այնպես անհոդաբաշխ է ներկայացնում իր հետ պատահածը, որ հայտնվում է հոգեբուժարանում, որտեղ հանդիպում է վեպի գլխավոր հերոսին՝ Վարպետին:
Վոլանդը գալիս է Սադովայա փողոցի N 50 բնակարանը, որտեղ ապրում էր հանգուցյալ Բերլիոզը: Նրա հարևանն է Վարյետե թատրոնի տնօրեն Ստեպան Լիխոդեևը: Գտնելով վերջինիս ծանր խումհարի մեջ՝ ներկայացնում է իբրև թե վերջինիս կողմից ստորագրված պայմանագիր, որով Վոլանդը պիտի ներկայացում տա թատրոնում: Այնուհետև դուրս է հանում Ստյոպային բնակարանից, և անհասկանալի եղանակով սա հայտնվում է Յալտայում:
Նիկանոր Բոսոյը՝ Սադովայայի տան ընկերության նախագահը, գալիս է համար հիսուն բնակարան և հանդիպում է Կորովևին, որը խնդրում է հանձնել բնակարանը Վոլանդին, քանի որ Բերլիոզը մահացել է, իսկ Լիխոդեևը մեկնել է Յալտա: Բոսոյը համաձայնում է և վճարից բացի ստանում է 400 ռուբլի, որը պահում է օդանցքում: Նույն օրը նրա տանը խուզարկություն է լինում, և օդանցքում գտնում են դոլլարներ: Բոսոյը նույնպես հայտնվում է հոգեբուժարանում:
Վարյետեի ֆինանսական տնօրենը՝ Ռիմսկին, և ադմինիստրատոր Վարենուխան փորձում են հեռախոսով կապվել Լիխոդեևի հետ և ապշում են՝ ստանալով նրանից հեռագրեր Յալտայից՝ դրամ ուղարկելու խնդրանքով: Կարծելով, որ սա հիմար կատակ է, Ռիմսկին հանձնում է հեռագրերը Վարենուխային և պատվիրում տանել այնտեղ, ուր հարկն է: Բայց դա չի հաջողվում անել, քանի որ Ազազելլոն և Բեգեմոտը տանում են Վարենուխային N 50 բնակարան, և մերկ վհուկ Գելլայի համբույրից Վարենուխան անզգայացած ընկնում է: Երեկոյան թատրոնում տեղի է ունենում մեծն մոգ Վոլանդի ներկայացումը: Ֆագոտը ատրճանակի կրակոցով առաջ է բերում տաս ռուբլիանոցների անձրև: Հետո բեմի վրա բացվում է կանացի խանութ, որտեղ յուրաքանչյուր հանդիսատես կին կարող է հագնվել ոտքից գլուխ: Գոյանում է հերթ, իսկ ներկայացումից հետո տաս ռուբլիանոցները վերածվում են թղթիկների, իսկ կանանց նոր զգեստներն անհետանում են, և նրանք մնում են մերկ: Ռիմսկուն իր կաբինետում ուշ երեկոյան այցելում է Գելլայի համբույրից վամպիր դարձած Վարենուխան: Տեսնելով, որ վերջինս ստվեր չունի՝ Ռիմսկին փորձում է փախչել: Վարենուխային օգնության է գալիս Գելլան: Սակայն բացվում է առավոտը, և աքաղաղի կանչը ստիպում է վամպիրներին չքվել: Մի վայրկյանում սպիտակած Ռիմսկին վազում է կայարան և գնացքով մեկնում է Լենինգրադ:
Հոգեբուժարանում Բեզդոմնին ծանոթանում է Վարպետի հետ և պատմում է նրան Բերլիոզին կործանած օտարերկրացու մասին: Վարպետը բացատրում է, որ դա սատանան է և պատմում է իր պատմությունը: Նրան Վարպետ է կոչել սիրեցյալը՝ Մարգարիտան: Կրթությամբ լինելով պատմաբան՝ նա աշխատում էր թանգարանում և անսպասելիորեն շահում է մեծ գումար: Թողնում է աշխատանքը թանգարանում, սենյակ է վարձում նկուղային հարկում և սկսում է վեպ գրել Պոնտացի Պիղատոսի մասին: Վեպը գրեթե պատրաստ էր, երբ նա փողոցում հանդիպում է Մարգարիտային: Նրանք իսկույն սիրահարվում են: Մարգարիտան ամուսնացած էր և ապրում էր արժանի մարդու հետ Արբատի առանձնատներից մեկում: Բայց չէր սիրում իր ամուսնուն: Ամեն օր գալիս էր Վարպետի մոտ, և նրանք երջանիկ էին: Վեպն ավարտված էր, և Վարպետը տանում է այն հանդես, սակայն տպագրել այն հրաժարվում են: Այդուհանդերձ մի դրվագ տպագրվում է, և շուտով թերթերում լույս են տեսնում ջախջախիչ հոդվածներ, որոնք ստորագրել են՝ Արիմանը, Լատունսկին և Լավրովիչը: Վարպետը զգում է, որ սկսում է հիվանդանալ: Մի գիշեր ուզում է այրել ձեռագիրը: Այն հազիվ փրկում է վրա հասած Մարգարիտան: Նա հեռանում է ամուսնուն հրաժեշտ տալու և վերադառնալու առհավետ: Սակայն Մարգարիտայի գնալուց քառորդ ժամ անց Վարպետի պատուհանը ծեծում են…
Վերադառնալով տուն մի քանի ամիս հետո՝ Վարպետը տեսնում է, որ իր բնակարանը զբաղված է և հեռանում է մոտակա հոգեբուժարանը, որտեղ արդեն ապրում է չորս ամիս:
Այդ առավոտյան Մարգարիտան արթնանում է զգացումով, որ ինչ-որ բան պիտի տեղի ունենա: Նայում է հին լուսանկարները, Վարպետի ձեռագիրը և գնում է Ալեքսանդրյան պուրակ: Այստեղ նրա կողքին է նստում Ազազելլոն և հաղորդում է, որ մի երևելի արտասահմանցի հյուր է կանչում Մարգարիտային: Խեղճ կինը համաձայնում է, որովհետև հույս ունի ինչ-որ բան իմանալ Վարպետի մասին: Նույն երեկոյան նա մերկ մարմինը օծում է Ազազելլոյի տված կրեմով և դառնալով անտեսանելի՝ դուրս է թռչում պատուհանից: Գրողների տան մոտով թռչելիս քարուքանդ է անում քննադատ Լատունսկու բնակարանը՝ համոզված լինելով, որ նա է կործանել Վարպետին: Ազազելլոն բերում է Մարգարիտային N 59 բնակարան, որտեղ կինը ծանոթանում է Վոլանդի և նրա շքախմբի հետ: Վոլանդը առաջարկում է Մարգարիտային լինել իր պարահանդեսի թագուհին՝ փոխարենը խոստանալով կատարել նրա ցանկությունը: Կեսգիշերին սկսում է Սատանայի պարահանդեսը, որին հրավիրված են մատնիչներ, դահիճներ, այլասերողներ, մարդասպաններ: Տղամարդիկ հագել են ֆրակ, իսկ կանայք մերկ են: Մի քանի ժամ Մարգարիտան ողջունում է հյուրերին և թույլ տալիս, որ համբուրեն իր ոտքը: Պարահանդեսն ավարտված է, և Վոլանդը հարցնում է, թե ինչ է Մարգարիտան ուզում: Մարգարիտան խնդրում է իսկույն իրեն վերադարձնել Վարպետին: Հայտնվում է հիվանդանոցի զգեստով Վարպետը: Նրանք խնդրում են Վոլանդին վերադարձնել իրենց նկուղային բնակարանը, որտեղ երջանիկ էին:
Այդ ընթացքում մոսկովյան մի վարչություն սկսում է հետաքրքրվել քաղաքում կատարվող իրադարձություններով: Պարզ է, որ մեղավորը հանցավոր խումբ է, որը գլխավորում է խորհրդավոր մոգը, և բոլոր հետքերը տանում են դեպի N 50 բնակարանը:
Վեպի երկրորդ սյուժեն սկսվում է Հերովդես Մեծի պալատում: Պոնտացի Պիղատոսը հարցաքննում է Հեշուա Գա-Նոցրիին: Սրան դատապարտել են մահվան կեսարի իշխանությունը վիրավորելու համար: Մեղադրանքը պիտի հաստատի Պիղատոսը: Պիղատոսը հասկանում է, որ իր առաջ անմեղ մարդ է և ոչ ապստամբ: Բայց նա չի կարող ազատել կեսարի դեմ հանցանքի մեջ մեղադրվողին և հաստատում է մահապատիժը: Այնուհետև դիմում է հրեաների հոգևոր առաջնորդին՝ Կայիփային, որը մոտեցող Զատիկի տոնի կապակցությամբ կարող է բաց թողնել չորս դատապարտյալներից մեկին: Կայիփան մերժում է նրան և ազատ է արձակում ավազակ Բար-Րաբանին: Սարի վրա կանգնած են երեք խաչեր, որոնց վրա խաչված են երեք դատապարտյալները: Խաչված Գա-Նոցրիի հետ է միայն նրա աշակերտը՝ Ղևի Մատթեոսը: Դահիճը սպանում է խաչվածներին, և սկսվում է ուժեղ անձրև:
Պիղատոսը իր մոտ է կանչում գաղտնի ծառայության պետին և պատվիրում է սպանել Հուդային Կիրիաթից, որը փող է ստացել Սինեդրիոնից Հեշուային մատնելու համար: Որոշ ժամանակ անց Ափրանիասը զեկուցում է, որ Հուդան մորթված է: Պիղատոսի մոտ են բերում Ղևի Մատթեոսին: Սա ցույց է տալիս Գա-Նոցրիի գրի առնված ուսմունքի մագաղաթներ: Պիղատոսը կարդում է, որ ամենամեծ մեղքը վախկոտությունն է:
Իսկ Մոսկվայում Վոլանդը և նրա շքախումբը հրաժեշտ են տալիս քաղաքին: Հայտնվում է Ղևի Մատթեոսը, որն առաջարկում է Վոլանդին վերցնել իր հետ Վարպետին և պարգևել նրան հանգիստ: Վոլանդը հարցնում է, թե ինչու իրենք չեն վերցնում Վարպետին: Մատթեոսն ասում է, որ Վարպետը արժանի չէ լույսի:
Որոշ ժամանակ անց Մարգարիտայի և Վարպետի բնակարանում հայտնվում է Ազազելլոն և տալիս է Վոլանդի ընծան՝ մի շիշ գինի: Խմելով դրանից Վարպետը և Մարգարիտան անշնչացած ընկնում են: Նույն պահին հոգեբուժարանում մահանում է Բեզդոմնիի հարևան սենյակի հիվանդը: Միաժամանակ Արբատի տներից մեկում երիտասարդ կինը բռնում է սիրտը ու վայր ընկնում:
Կախարդական ձիերը տանում են Վոլանդին ու նրա շքախումբը, ինչպես նաև Վարպետին ու Մարգարիտային: Վոլանդը ցույց է տալիս Վարպետին նրա վեպի հերոս Պիղատոսին, որը նստած է հրապարակում երկու հազար տարի և երազում է դուրս գալ լուսնային ճանապարհ՝ զրուցելու համար թափառական փիլիսոփայի հետ: Վարպետը բղավում է, որ Պիղատոսն այլևս ազատ է, և որ փիլիսոփան սպասում է նրան: Վոլանդը հրաժեշտ է տալիս Վարպետին և Մարգարիտային: Զույգը քայլում է գետակի վրայով անցնող կամրջով և Մարգարիտան ասում է, որ հիմա Վարպետը հանգիստ է, և որ ինքը կհսկի նրա քունը:
Մոսկվայում մոգի և նրա հանցավոր խմբի որոնումներն արդյունքներ չեն տալիս: Փորձառու հոգեբույժները գալիս են եզրակացության, որ այդ խմբի անդամները ուժեղ հիպնոզիստներ են: Անցնում է մի քանի տարի: Ոչ ոք ոչինչ չի հիշում: Միայն նախկին պոետ Բեզդոմնին մայիսին լինում է Պատրիարշիյե Պրուդի զբոսայգում և նստում է այն նստարանին, որտեղ ժամանակին զրուցել էր Վոլանդի հետ: Իսկ հետո գիշերը տեսնում է միևնույն երազը: Նրան այցելում են Մարգարիտան, Վարպետը, Հեշուան և Պոնտացի Պիղատոսը:
