19-րդ դարի երկրորդ կես: Ամենատարբեր ծովերում և օվկիանոսներում ծովագնացները ժամանակ առ ժամանակ տեսնում են ստորջրյա մեծ մարմին, որն իր չափերով և շարժման արագությամբգերազանցում է կետաձկանը։ Անհայտ էակով հետաքրքրվում են նախ թերթերը, իսկ այնուհետև՝գիտնականները: Ակադեմիականհետաքրքրությանը փոխարինում է գործնական հետաքրքրությունը, մանավանդ որ ստորջրյա հսկայի հետ բախումները բազմաթիվ նավերի վնասվածքների պատճառ են դառնում։ ԱՄՆ նավատորմին պատկանող «Աբրահամ Լինկոլն»զինվորական առագաստանավը ծով է դուրս գալիս հրեշին որսալու:

Երկարատև փնտրտուքից հետո արշավախումբը Խաղաղ օվկիանոսումհանդիպում է հրեշին, բայց նրա հետ բախման արդյունքում նավը ստանում էլուրջ վնասվածք, իսկ նրա վրա գտնվող պրոֆեսոր Պիեռ Արոնաքսը, նրասպասավոր Կոնսելը, և հարպունահար Նեդ Լենդը հայտնվում են ջրում, իսկայնուհետև՝ սուզանավի տախտակամածին, որն էլ, ինչպես պարզվում է, նրանց որոնած «ծովահրեշն է»։ Նավապետը ներկայանում է Նեմո (լատ. Nemo նշանակում է Ոչ Մեկը)։ Նա հայտարարում է փրկվածներին, որ նրանք գտնվումեն իրեն պատկանող «Նաուտիլուս» սուզանավի վրա։ Ինքը Նեմոն իր ընկերներիհետ խզել է կապերը մարդկանց հասարակության հետ և հեռացել է օվկիանոս,որպեսզի ապրի ազատ։ Բոլորից գաղտնի կառուցել և կահավորել է«Նաուտիլուսը»: Նեմոն «Նաուտիլուսի» գաղտնիությունը պահելու համարստիպված է փրկվածներին թողնել նավի վրա, և հերոսները, որոնց առջև դրվածէ ընտրության հնարավորություն մահվան և գերության միջև, ստիպված ենընտրել երկրորդը։ Պրոֆեսոր Արոնաքսին կապիտանը առաջարկում էմասնակցել գիտական հետազոտոթյունների, որոնք նա իրականացնում էսուզանավի վրա՝ իր տրամադրության տակ ունենալով ողջ օվկիանոսի գանձարանը։

Հաջորդ յոթ ամիսների ընթացքում հերոսները արկածներ են ունենումԵրկրագնդի բոլոր օվկիանոսներում, բացի Հյուսիսային օվկիանոսից։Մասնակցում են ստորջրյա որսի, այցելում են Նոր Գվինեա կղզի, մարգարիտ են որոնում, Հնդակական օվկիանոսում պայքարում են շնաձկների դեմ, այցելումեն խորտակված Ատլանտիսի ավերակները, կռվում են կաշալոտների ևութոտնուկների բանակների դեմ։ «Նաուտիլուս»-ը հաղթահարում է Հարավայինբևեռի սառույցները:

Այս ճանապարհորդության ընթացքում հերոսներին հայտնի է դառնում, որ«Նաուտիլուսի» անձնակազմը, չնայած որ լքել է ցամաքը, տեղյակ է այնտեղկատարվող բոլոր իրադարձություններից, և ակտիվորեն օգնում է այն ազգերին,որոնք պայքարում են իրենց անկախության և ազատության դեմ։ Պատմությանվերջում «Նաուտիլուսը» մարտի է բռնվում անգլիական ռազմական նավի հետ ևխոյահարելով խորտակում է այն։ Հերոսները իմանում են, որ նավապետը այդկերպ սոսկ վրեժ է լուծել հին թշնամուց։ Նեմոն եղել է Հնդկաստանի սիպայների արքայազնը: Նրա անունն է Դակկար: Անգլիական նավի նավապետ Մունրոն ժամանակին խլել է նրանից ոչ միայն իր ժողովրդի ազատությունը, այլև ընտանիքը և անգամ անունը:

Անգլիական նավի հետ ճակատամարտից հետո, երբ նավապետ Նեմոնընկղմվում է խոհերի մեջ և թուլացնում է հսկողությունը, Լենդը պարզում է, որ«Նաուտիլուսը» գտնվում է ցամաքի մոտ և առաջարկում է փախչել՝ օգտվելով մակույկից։ Պարզվում է, որ սուզանավն ընկել է Մալստրյոմի ջրապտույտի մեջ։Արոնաքսը և իր ընկերները հրաշքով փրկվում են և դուրս են գալիսնորվեգական ափ։ Վեպի վերջին գլուխը պարունակում է Արոնաքսի, նավապետ Նեմոյի և նրա ճակատագրի մասին խորհրդածությունները։